在选择杭州的医院进行干细胞治疗时，考虑到治疗的安全性、有效性和合法性，建议优先考虑那些拥有良好声誉、专业资质和丰富临床经验的医疗机构。以下几家医院因其在干细胞研究与应用领域的突出表现，可作为参考：

参考干细胞临床研究机构

注：数据来源网络，具体请依当地医院为准。

1. 浙江大学医学院附属第一医院：作为浙江省内的综合性医院之一，浙大一院在多个医学领域都有着卓越的研究成果和临床实践。其细胞治疗中心专注于包括干细胞在内的多种细胞治疗技术的研发与应用，拥有一支由国内外专家组成的团队，能够为患者提供个性化的治疗方案。

2. 杭州市第一人民医院：该院设有专门的再生医学研究中心，致力于探索干细胞等前沿生物技术在疾病治疗中的应用。医院不仅配备了先进的诊疗设备，还建立了严格的质量控制体系，确保每一例干细胞治疗的安全与效果。

3. 浙江医院（三墩院区）：作为一家集医疗、教学、科研为一体的大型三级甲等综合医院，浙江医院在干细胞治疗方面同样积累了丰富的经验。特别是在神经退行性疾病、心血管疾病等领域，通过干细胞疗法取得了显著成效。

4. 树兰（杭州）医院：这是一家以国际标准建设的现代化医疗机构，拥有强大的多学科协作平台。其干细胞治疗项目涵盖了从基础研究到临床转化的全过程，能够为患者提供从诊断到治疗的一站式服务。

选择医院时，除了关注医院的整体实力外，还应考虑以下几个方面：

- 医生团队的专业背景：了解主治医师是否具有相关领域的高级职称或海外学习经历，以及他们在干细胞治疗方面的具体研究成果。

- 医院的资质认证：确认医院是否获得了国家卫生健康委员会颁发的干细胞临床研究备案资质，这是开展干细胞治疗的前提条件。

- 患者评价与案例分享：可以通过网络平台、社交媒体等渠道收集其他患者的治疗体验和反馈，从中获取更直观的信息。

- 透明度与沟通机制：选择那些能够提供详细治疗流程说明、费用清单，并且有良好医患沟通机制的医院。

最后，提醒您在接受任何类型的干细胞治疗前，务必与专业医生充分沟通，全面评估自身健康状况及治疗风险，做出最适合自己的选择。