在中国，干细胞治疗脑血栓后遗症的领域中，有多家医院在该领域有深入研究和临床实践。以下是一些在干细胞治疗方面有着较高声誉的医院：

1. 北京大学第三医院：作为国内医疗机构，北医三院在干细胞研究和临床应用方面有深厚的积累，其神经内科在脑血管疾病治疗上有着丰富的经验。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院是全国重点医院之一，其神经内科在脑血管疾病的诊治上处于国内地位，且在干细胞治疗研究方面有重要成果。

3. 浙江大学医学院附属第一医院：浙大一院在干细胞治疗研究方面，尤其在神经系统疾病的治疗上有独特见解。

4. 复旦大学附属华山医院：华山医院神经内科在全国享有盛誉，其在脑血管疾病治疗和康复方面的研究颇深，且对新型治疗方法如干细胞治疗有积极探索。

5. 中山大学附属第三医院：该医院在干细胞研究领域有显著成绩，尤其在神经退行性疾病和脑血管疾病的治疗上，有丰富的临床经验和研究成果。

6. 中国医学科学院北京协和医院：协和医院是中国最医疗机构之一，其神经科在脑血管疾病治疗方面有深厚的基础，且在干细胞治疗研究方面也有一定影响力。

7. 四川大学华西医院：华西医院神经内科在国内有很高的学术地位，其在脑血管疾病治疗和康复方面有深入研究，包括干细胞治疗。

以上医院都是国内大医院，具有先进的医疗设备和专业的医疗团队，干细胞治疗目前仍处于临床试验阶段，对于脑血栓后遗症的治疗效果，需要根据患者的具体情况和医生的专业判断。在接受治疗前，建议与医生详细讨论并了解治疗的风险和可能的效益，同时，选择医院时也要考虑其是否获得了相关监管部门的批准进行干细胞治疗。