在选择治疗甲状腺炎的医院时，需要考虑医院的专业性、医生的经验、技术设备以及医院的声誉等因素。干细胞治疗作为新兴的治疗方法，对于某些疾病可能有显著的效果，但在甲状腺炎的治疗上，目前主流的治疗方法仍然是药物治疗、手术治疗或者放射性碘治疗。干细胞治疗在甲状腺疾病中的应用还在临床试验阶段，因此选择医院时应更加谨慎。

以下是一些在中国在甲状腺疾病治疗方面具有较高声誉的医院，随时间变化，建议在实际就医前进行最新信息的查询：

1. 北京协和医院：中国最医疗机构之一，内分泌科在全国享有极高的声誉，对各种甲状腺疾病的诊疗经验丰富。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：内分泌科实力雄厚，拥有先进的诊疗设备和技术。

3. 复旦大学附属中山医院：内分泌科在甲状腺疾病的诊治上有着丰富的经验和良好的口碑。

4. 浙江大学医学院附属第一医院：内分泌科在甲状腺疾病的治疗上有较高的专业水平。

5. 广州市中山大学附属第三医院：内分泌与代谢病科是国家重点学科，甲状腺疾病的治疗技术。

在选择医院时，建议先咨询医生，了解自己的病情是否适合干细胞治疗，以及该医院是否有进行过相关的临床研究。同时，也可以查阅最新的医学文献，了解干细胞治疗在甲状腺炎方面的研究成果和进展。

此外，干细胞治疗通常需要较高的费用，并且可能不被所有保险覆盖，因此在决定治疗方案时也需要考虑经济因素。在选择医院时，一定要确保其合法并具备相应的医疗资质，避免受到不正规的医疗操作带来的风险。

无论选择哪家医院，都应遵循医嘱，积极配合治疗，同时保持良好的生活习惯，这对于疾病的康复至关重要。祝你早日康复！