在一项新的研究中，研究人员使用两种针对HIV基因组的3个区域的ddPCR测定方法来开发一种5区域测试方法。这两种三重ddPCR测定各自针对两个独特的HIV基因组区域，但共同针对1个重叠区域，从而允许批间质量控制。通过结合这两种平行的三重ddPCR测定方法，这些作者有信心对真正完整的HIV-1病毒基因组进行定量确定。作为进一步的改进，他们优化了其中的一种特异性定量确定T细胞的多重ddPCR测定方法，以便准确地将定量确定的数量与待研究的HIV靶细胞的数量进行正常化。这个额外的步骤对于组织活检特别有用，因为与血液相比，组织中的细胞群体难以分离和纯化。

具体而言，测定方法1的三个HIV靶点位于HIV pol基因的3'端、tat基因和env基因，而测定方法2的三个HIV靶点位于长末端重复序列/gag区域、pol基因的5'端和env。每种测定方法中，针对每个HIV靶点设计特异性的引物和探针。在每种测定方法的三个HIV靶点中，有两个使用相同的染料进行探针检测，但浓度不同，以便能够在荧光振幅的X/Y图上区分不同的HIV靶点。这使得这些作者能够对含有不同靶点组合的液滴进行定量确定。针对env的引物和探针在测定方法1和测定方法2中是相同的，在201个临床样本中，这两种测定方法的env性能几乎相同。