在选择干细胞治疗甲状腺功能减退症的医院时，需要考虑多个因素，包括医院的专业水平、医生的经验、研究设施、治疗成功率以及患者评价等。以下是一些在干细胞治疗领域具有较高声誉的医疗机构，干细胞治疗在许多国家和地区仍处于临床试验阶段，其安全性和有效性需要更多的科学研究来证实：

1. 北京协和医院（中国北京）：作为中国医疗机构之一，北京协和医院在干细胞研究和应用方面有着深厚的底蕴，其内分泌科和科研团队在甲状腺疾病治疗方面有丰富的经验。

2. 美国约翰斯·霍普金斯医院（美国巴尔的摩）：这是一家全球医院，其内分泌科和干细胞研究团队在国际上享有盛誉，对新兴的治疗方法如干细胞治疗有深入的研究。

3. 麻省总医院（美国波士顿）：该医院是哈佛医学院的主要教学医院，拥有先进的医疗设备和研究设施，其内分泌科和干细胞研究中心在临床试验和研究方面非常活跃。

4. 加利福尼亚大学洛杉矶分校医学中心（美国洛杉矶）：UCLA医学中心在干细胞研究方面处于世界地位，他们的专家团队在甲状腺疾病的治疗和研究方面也有很高的造诣。

5. 上海交通大学医学院附属瑞金医院（中国上海）：瑞金医院的内分泌科和干细胞研究所在国内享有很高的声誉，他们在甲状腺疾病治疗方面有着丰富的临床经验和研究成果。

6. 悉尼大学皇家阿尔弗雷德王子医院（澳大利亚悉尼）：这家医院在干细胞治疗领域有着广泛的临床研究，其内分泌科医生和研究人员对甲状腺疾病的治疗有深入的理解。

7. 德国慕尼黑大学医院（德国慕尼黑）：这家医院在干细胞治疗和再生医学方面有很强的实力，其内分泌科在甲状腺疾病的治疗方面也积累了丰富的经验。

请务必在咨询专业医生并了解所有可能的治疗选项后，再做决定。同时，由于干细胞治疗在甲减中的应用还在探索阶段，可能存在一定的风险和不确定性，因此在选择治疗方案时应谨慎对待。在进行任何治疗前，一定要与医生详细讨论并理解治疗的潜在效果和可能的副作用。