在选择进行干细胞治疗运动神经元病的医疗机构时，重要的是要综合考虑医院的专业水平、医生的经验、治疗方法的安全性和有效性、以及患者的具体需求。全球范围内，有许多的医疗机构在干细胞治疗领域有着丰富的经验和良好的声誉。

首先，建议选择有国家或地区认证的医疗机构。这类机构通常会遵循严格的医疗标准和伦理规范，确保治疗过程的安全性。在中国，可以考虑如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院等大型综合性医院，它们在神经科学和干细胞研究领域都有较高的学术地位和临床应用能力。

其次，了解并评估医院在运动神经元病（ALS）治疗方面的专长。一些国际上的中心，如美国加州大学旧金山分校、美国杜克大学医学中心等，在ALS的干细胞治疗研究方面取得了显著成果。这些中心不仅在基础科学研究上有深厚的积累，还在临床试验中积累了丰富的经验，能够为患者提供更为个性化和先进的治疗方案。

此外，选择医院时还应考虑其是否具备良好的患者服务系统，包括详细的咨询、个性化的治疗计划、以及对患者长期随访的支持。良好的患者服务不仅可以提高治疗满意度，还能为患者提供必要的心理支持和生活指导。

最后，考虑到地理位置和交通便利性，选择一个对患者及其家庭来说相对容易访问的医院也非常重要。同时，由于医疗费用可能较高，建议提前了解医疗保险覆盖情况，并做好经济规划。

总之，在选择进行干细胞治疗运动神经元病的医疗机构时，应综合考虑专业资质、医生经验、治疗安全性和有效性、以及患者的具体需求和服务质量，以做出最适合自己的决策。