在选择进行干细胞治疗甲状腺炎的医疗机构时，建议您综合考虑以下几个方面：

1. 专业资质：确保医院具有合法的医疗执业许可证，并且在干细胞治疗领域有丰富的经验。选择那些在该领域有良好声誉的医院更为可靠。

2. 医疗团队：了解医院的医疗团队背景，包括是否有专门从事干细胞研究和临床应用的专家或教授，以及他们在甲状腺炎治疗方面的成功案例和研究成果。

3. 技术与设备：先进的技术和设备是确保治疗效果的重要因素。了解医院是否采用国际认可的干细胞分离、培养和输注技术，以及是否有配套的监测和评估系统。

4. 患者评价：通过查阅患者的评价和反馈，了解治疗的实际效果和患者满意度，这可以从一定程度上反映医院的服务质量和治疗水平。

5. 后续服务：询问医院是否提供完整的治疗后跟踪服务，包括定期复查、长期的健康指导等，以确保治疗效果的持续性和稳定性。

6. 地理位置与交通便利性：考虑到治疗周期可能较长，选择地理位置便于到达，交通便利的医院会更加方便。

7. 费用透明：了解治疗的总费用构成，包括但不限于医疗费、药品费、检查费等，确保费用透明合理，避免额外的经济负担。