慢性甲状腺炎，也称为自身免疫性甲状腺疾病，其主要原因是免疫系统出现异常。具体来说，这种疾病的发病机制与人体对自身甲状腺组织产生免疫反应有关。正常情况下，甲状腺会产生适量的甲状腺激素来调节新陈代谢，但在这个过程中，如果免疫系统错误地将甲状腺细胞识别为外来物质，就会产生针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体和甲状腺球蛋白抗体。

这些抗体攻击并破坏甲状腺细胞，导致甲状腺功能减退（桥本甲状腺炎）或功能亢进。此外，某些病毒感染、遗传因素、环境因素等也可能触发或加重病情。慢性甲状腺炎是一种慢性疾病，病程长，治疗过程可能需要长期管理，以维持甲状腺功能的稳定。