干细胞在调节慢性肾功能衰竭中的作用机制主要涉及其自我更新和分化能力。首先，干细胞能够通过自我复制产生新的肾细胞，补充因疾病损伤而减少的肾单位，从而修复受损的肾脏结构。其次，干细胞具有多向分化潜能，可以转化为肾小球、肾小管等各种肾组织细胞，有助于恢复肾脏的功能。

具体来说，当干细胞被引导到肾脏微环境中，它们会受到特定信号分子的调控，分化为肾实质细胞，如肾小球旁细胞、间质细胞等，参与修复和再生过程。同时，干细胞还能通过分泌生长因子和细胞因子，调控炎症反应，减轻免疫介导的肾脏损伤。

然而，尽管干细胞疗法在实验研究中显示出积极的效果，但将其应用于临床仍面临一些挑战，如如何保证移植的干细胞在体内保持稳定，如何避免免疫排斥等问题。目前，这方面的研究还在不断深入，以期为慢性肾功能衰竭的治疗提供新的可能。