治疗脑血栓后遗症的医院选择，主要取决于医院的专业水平、设备条件和医疗团队。在中国，有一些医院在神经内科和康复医学领域有着较高的声誉，例如：

1. 北京天坛医院：作为中国神经科学的领军机构，其神经内科在脑血管疾病治疗上有丰富的经验。

2. 上海复旦大学附属华山医院：该医院神经内科在全国享有盛誉，对于脑血栓后遗症的诊断和治疗有很高的专业水准。

3. 广州珠江医院：神经内科实力强大，尤其在中风康复治疗方面有独到之处。

4. 武汉同济医院：神经外科在国内排名前列，对脑血栓后遗症的手术治疗和康复治疗都有很好的效果。

5. 复旦大学附属中山医院：同样以神经内科和康复医学见长，为患者提供全方位的诊疗服务。

以上医院均配备了先进的医疗设备和技术，有专业的医疗团队，能够提供个体化的治疗方案。但具体选择还需结合患者所在地区、病情严重程度以及个人舒适度等因素考虑。建议在就医前咨询医生或进行实地考察。