干细胞调节在治疗小儿脑萎缩的过程中，主要通过其独特的自我复制和分化能力发挥作用。干细胞是一种未充分分化的细胞，具有极高的再生潜能，能分化为各种类型的细胞，包括神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞等，这些细胞对于维持大脑功能至关重要。

在小儿脑萎缩的治疗中，干细胞首先通过移植到受损区域，通过增殖和分化，补充或替换因疾病导致的死亡或损伤的神经元。它们可以形成新的神经网络，恢复神经传导，改善神经信号传递，从而改善认知、运动和语言等功能。此外，干细胞还能通过分泌生长因子和细胞因子，促进局部炎症的减轻，减轻神经元凋亡，有利于神经修复。

然而，目前干细胞疗法在小儿脑萎缩的临床应用尚处于早期阶段，效果还需更多大规模临床试验来验证。尽管一些小规模研究显示有积极迹象，但可能存在移植后的免疫排斥、细胞分化效率不高等挑战。因此，未来还需要进一步研究和优化技术，以确保其安全性和有效性。