干细胞在调节脑血栓后遗症中的作用机制主要涉及其自我复制和分化潜能。当脑部发生血栓，会导致局部神经细胞损伤，影响神经功能。干细胞可以通过多种途径发挥作用：

1. 旁分泌作用：干细胞可以分泌多种生长因子和细胞因子，促进受损区域的血管再生，改善缺血区域的微环境。

2. 细胞替代：干细胞可以分化为神经元、星形胶质细胞等，直接替换因血栓死亡的神经细胞，恢复神经网络的完整性。

3. 免疫调节：干细胞可通过抑制炎症反应和促炎细胞凋亡，减轻脑部炎症，防止进一步损伤。

4. 促进神经修复：干细胞能够刺激神经再生和轴突延伸，有助于恢复神经传导功能。

干细胞疗法在动物实验和早期临床研究中显示出积极的迹象，如改善神经功能障碍、减少脑水肿和炎症等。然而，由于人体内使用干细胞治疗的复杂性和安全性问题，目前尚处于临床试验阶段，大规模应用仍需进一步研究和验证。