干细胞在调节肾萎缩中的作用机制主要基于其自我更新和分化潜能。当肾脏受到损伤，如慢性肾病导致的肾萎缩，体内的干细胞可以被激活，通过多种途径发挥作用：

1. 细胞修复：干细胞能够分化为肾小球、肾小管等肾组织细胞，直接替换损伤或死亡的细胞，促进肾脏结构的修复。

2. 内分泌调控：干细胞可以分泌生长因子和细胞因子，调节炎症反应，减轻肾脏炎症，有利于肾功能的恢复。

3. 旁分泌效应：干细胞可以通过释放物质影响邻近细胞，改善微环境，促进肾小管上皮细胞增殖和再生。

4. 调控免疫反应：干细胞可以调节免疫系统的平衡，防止过度免疫反应对肾脏的进一步损害。

干细胞治疗肾萎缩的效果因个体差异和疾病阶段而异。在早期实验中，一些研究显示干细胞疗法可能有助于减缓肾功能下降的速度，甚至部分患者在短期内观察到肾功能的改善。然而，目前该领域的临床应用仍处于探索阶段，大规模临床试验才能确定其长期疗效和安全性。