选择治疗肾萎缩的医院，主要考虑医院的专业水平、设备设施、医生团队和治疗经验等因素。以下是一些建议，但具体还需结合你所在地区和个人情况来决定：

1. 北京大学第一医院：肾脏病科在全国有很高的声誉，拥有医疗技术和设备，对于肾萎缩的诊疗有着丰富的经验。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：肾脏病科实力强大，有多位国内专家，对肾萎缩等肾脏疾病有深入研究。

3. 广州市第一人民医院：南方医科大学附属医院，肾脏病学科在全国享有盛誉，对于肾萎缩的治疗效果显著。

4. 成都中医药大学附属医院：如果你倾向于中医治疗，这是一家专业的中医医院，对于肾萎缩的中医调理可能有独特优势。

5. 你所在地的三甲医院：通常这类医院的肾脏病科也会有较好的治疗条件，建议咨询当地医院的专家，了解具体情况。

记住，选择医院时，除了看名气，还要考虑交通便利性、费用以及自身的舒适度。在就医过程中，与医生充分沟通，制定个性化的治疗方案是非常重要的。