在中国，治疗小儿脑萎缩的医院有很多，选择哪家医院主要取决于孩子的具体情况、医院的专业水平和设备条件。以下是一些在国内享有较高声誉的儿科神经科医院，供您参考：

1. 北京儿童医院：作为国内儿科领域的医院，其神经内科在小儿脑发育障碍方面有丰富的临床经验和研究。

2. 上海儿童医学中心：该中心的神经内科和康复医学科在儿童神经系统疾病，包括脑萎缩的治疗上具有很高的专业水平。

3. 广州市妇女儿童医疗中心：该医院的神经内科在儿童神经疾病诊治方面有着良好的口碑。

4. 四川大学华西医院：对于复杂的小儿脑萎缩病例有处理能力。

5. 复旦大学附属儿科医院：该医院的神经内科在儿童神经系统疾病的治疗上也颇具实力。

请务必结合孩子的实际情况，如地理位置、家庭经济条件以及医生的专业特长等因素进行综合考虑。同时，早期发现、早期干预和综合治疗是关键，建议尽快咨询当地的专业医生。