亚急性甲状腺炎，也称为肉芽肿性甲状腺炎，是一种自限性的炎症性疾病，主要由病毒感染引起。治疗亚急性甲状腺炎的医院选择，主要取决于医院的内分泌科专业水平、医生的经验和技术以及医疗设备的先进程度。

在中国，北京协和医院内分泌科在甲状腺疾病治疗方面有着很高的声誉，其专家团队专业精湛，对亚急性甲状腺炎的诊断和治疗有丰富的经验。此外，上海交通大学医学院附属瑞金医院、中山大学附属第一医院等大型综合性医院的内分泌科也都有很强的诊疗能力。

当然，选择医院时还需考虑距离、交通等因素，确保就诊的方便性。在本地寻找一家有良好口碑、设备齐全、医生技术过硬的综合医院内分泌科进行治疗，通常都能得到满意的疗效。在就医前，先咨询医生或在线平台，了解医院的具体情况。