治疗甲状腺炎的医院选择主要取决于地理位置、医院的专业水平和设备设施。以下是一些在中国有较高声誉的甲状腺疾病诊疗中心：

1. 北京协和医院内分泌科：作为国内医院，协和医院在甲状腺疾病的诊断和治疗上具有丰富的经验和先进的技术。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：该医院内分泌科在全国享有盛誉，甲状腺疾病诊治水平高。

3. 复旦大学附属华山医院：华山医院内分泌科是全国重点学科，甲状腺疾病治疗效果显著。

4. 广州市妇女儿童医疗中心：在甲状腺疾病的儿科治疗方面有独特优势，尤其适合儿童患者。

5. 成都市第三人民医院：该医院甲状腺疾病诊治中心设备齐全，专家团队专业。

以上医院都是治疗甲状腺炎的不错选择，但具体还需根据你的实际需求和所在地区进行考虑。在就医前，建议提前预约并咨询医生，了解详细的诊疗方案。