治疗小儿脑萎缩的医院选择应考虑多个因素，包括医院的专业水平、设备条件、医生经验以及服务质量等。以下列举几家国内在儿童神经科领域具有一定影响力的医院供您参考：

1. 北京儿童医院：作为国内儿科医院，其神经内科在儿童神经系统疾病，包括脑萎缩的诊治上有着丰富的经验和先进的技术。

2. 上海儿童医学中心：该中心在儿童神经发育和康复治疗方面有很高的声誉，对小儿脑萎缩的诊疗有着专业的团队和设备支持。

3. 广州市妇女儿童医疗中心：该医院儿童神经内科在儿童神经系统疾病治疗上实力雄厚，对于小儿脑萎缩的诊断和治疗有一定优势。

4. 复旦大学附属儿科医院：作为国内儿科医院，其神经内科在研究和治疗儿童神经系统疾病，包括脑萎缩，有着丰富的资源。

5. 四川大学华西医院：华西医院神经内科在国内享有盛誉，对于复杂的小儿脑萎缩病例，也有较高的诊疗水平。

请根据您所在地区及具体病情，结合医院的实际情况进行选择。同时，就诊时务必提前咨询预约，了解详细的诊疗方案。