治疗慢性结肠炎的医院选择，主要取决于患者的地理位置、医疗资源和医生的专业水平。以下是一些在中国治疗慢性结肠炎的医院推荐：

1. 北京协和医院消化内科：作为国内医疗机构，协和医院在消化系统疾病治疗方面有很高的声誉，其肠胃科专家团队实力雄厚。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：该医院消化内科在全国享有盛誉，对于慢性结肠炎等消化系统疾病有丰富的诊疗经验。

3. 广州市第一人民医院消化内科：华南地区的医院，擅长各类消化系统疾病的诊治，对慢性结肠炎有深入研究。

4. 成都华西医院消化内科：西南地区的重要医疗机构，医疗技术先进，对慢性结肠炎的治疗效果显著。

5. 复旦大学附属华山医院：消化内科是国内科室，尤其在炎症性肠病（包括慢性结肠炎）的诊疗上有着较高的水平。

请根据自身实际情况，结合医院的地理位置、医生专长以及排队情况等因素，选择最适合自己的医院。就诊前提前预约，并带上详细的病历资料，以便医生做出准确的诊断和治疗方案。