治疗多系统萎缩（MSA）的医院选择主要取决于患者的地理位置、医疗资源和专科专长。在中国，一些大型综合性医院或神经内科、神经外科、康复医学科实力较强的医院通常有较好的诊疗水平。例如北京的宣武医院、天坛医院，上海的华山医院、复旦大学附属中山医院，广州的广东省人民医院，以及南京的江苏省人民医院等，这些医院在神经系统疾病领域有着丰富的临床经验和研究基础。

然而，由于MSA是一种罕见且复杂的疾病，选择医院时除了考虑医院的设备和技术，还应关注医生的专业背景和研究经验，特别是那些专门从事神经变性疾病或多系统疾病诊治的专家。此外，患者可以根据自身病情的发展和需求，结合医院的治疗方案、康复设施以及患者评价等因素进行选择。

以上信息仅供参考，具体医院选择应以当地实际医疗资源和医生建议为准。同时，早期诊断和综合治疗对于MSA的管理至关重要，所以一旦确诊，应及时就医。