治疗脑血栓后遗症的医院选择主要取决于患者所在的地理位置、医院的专业水平和设备条件。以下是一些在中国有名的医疗机构，他们拥有丰富的神经内科和康复科资源，专门针对脑血栓后遗症的治疗：

1. 北京天坛医院：作为中国神经外科的高端医院，其神经内科在脑血管疾病治疗上有很高造诣。

2. 上海华山医院：神经内科实力强大，尤其在脑血管疾病和康复治疗方面有显著成效。

3. 广州珠江医院：神经内科在全国享有盛誉，对脑血栓后遗症的综合治疗颇具特色。

4. 成都华西医院：西南地区最大的综合性医院，神经内科技术先进，康复设施完善。

5. 湖南省人民医院：湖南省脑血管疾病诊疗中心，提供全方位的脑血栓后遗症治疗。

6. 浙江省人民医院：神经内科在国内有较高影响力，擅长中西医结合治疗。

以上仅为部分推荐，具体选择还需根据患者的实际情况和医院的就近程度进行考虑。同时，各地的三甲级综合医院通常都有较好的神经内科和康复科，可以咨询当地医生获取更详细的建议。