干细胞治疗脑梗塞后遗症的原理主要基于其独特的自我更新和分化能力。干细胞，尤其是神经干细胞和祖细胞，具有在体内生成各种细胞类型的能力，包括神经元和胶质细胞，这些是构成大脑的基本单位。

当脑梗塞发生时，部分脑组织由于血流中断而受损，导致神经细胞死亡。干细胞疗法通过将这些细胞移植到损伤区域，可以启动一个自然的修复过程。干细胞会分化成所需的神经细胞，补充受损或死亡的神经元，恢复神经网络的完整性。同时，它们也能分泌生长因子和细胞因子，促进局部炎症反应的消退，减轻神经炎症损伤，以及刺激新生血管的形成，改善缺血区域的供血。

此外，干细胞还能通过免疫调节作用，减轻脑梗塞后的炎症反应，减少神经元的进一步损伤。干细胞治疗脑梗塞后遗症的机制是通过细胞替代、组织修复和免疫调控，为受损的大脑提供再生和重建的机会，从而改善功能障碍，提高患者的生活质量。然而，这仍是一个前沿且在研究阶段的领域，更多临床证据和深入研究是必要的。