选择治疗亚急性甲状腺炎的医院，主要考虑医院的专业水平、医生的经验和技术、设备条件以及服务质量。以下是一些建议，但具体医院的选择还需根据你的地理位置和个人情况来定：

1. 北京协和医院：作为国内的综合医院，内分泌科在甲状腺疾病治疗上有着丰富的经验和先进的技术，是不错的选择。

2. 上海瑞金医院：该医院内分泌科在国内享有很高声誉，对于亚急性甲状腺炎等疾病的诊治有专业团队。

3. 广州中山大学附属第三医院：南方地区的大型综合医院，内分泌科在甲状腺疾病领域具有较强的科研实力。

4. 复旦大学附属华山医院：上海的又一医院，其内分泌科在甲状腺疾病方面有很高的诊疗水平。

5. 浙江省人民医院：杭州地区医疗水平较高的医院，对于亚急性甲状腺炎也有一定的研究和治疗能力。

请务必提前预约，并咨询医生详细了解治疗方案。祝你早日康复！