治疗桥本甲状腺炎的医院选择主要取决于患者所在的地理位置和医疗机构的专业水平。以下列举一些在中国的内分泌科或甲状腺疾病诊疗中心，供您参考：

1. 北京协和医院内分泌科：作为中国的医疗中心，其甲状腺疾病诊治技术世界。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：内分泌科在甲状腺疾病治疗上有着丰富的经验和先进的设备。

3. 广州市妇女儿童医疗中心：在甲状腺疾病的诊疗方面有很高的专业水准。

4. 成都市第三人民医院甲状腺外科：在西部地区享有良好的声誉，治疗桥本氏病效果显著。

5. 复旦大学附属华山医院：内分泌科在甲状腺疾病的研究与治疗上处于国内前沿。

当然，除了这些大型综合性医院，各地的三甲医院内分泌科或甲状腺专科也都有专业的医生团队能够提供有效的治疗。建议您根据自身实际情况，结合医院的专科特色、医生经验以及就医方便程度进行选择。在就诊前，提前预约并咨询相关专家。