干细胞调节脑萎缩的作用机制主要涉及以下几个方面：

1. 细胞再生：干细胞具有自我复制和分化的能力，当大脑中存在脑萎缩区域时，干细胞可以通过增殖产生新的神经元和胶质细胞，替换或补充因衰老、疾病导致的死亡或损伤的神经元，从而恢复或维持神经组织的完整性。

2. 神经修复：干细胞能够分泌多种生长因子和细胞因子，这些物质可以刺激受损神经元的再生和周围神经元的连接，促进神经网络的重建，有助于改善脑功能。

3. 抗炎和免疫调节：干细胞可通过分泌抗炎因子，减轻脑部炎症反应，减少神经元的进一步损伤。同时，它们还能调节免疫系统的反应，防止过度免疫攻击对神经组织的破坏。

4. 保护神经元：干细胞能够提供神经保护作用，通过抗氧化、抗凋亡机制，保护存活的神经元免受进一步损害。

总之，干细胞通过其多能性、修复能力、免疫调节以及保护作用，可能在一定程度上逆转或减缓脑萎缩的过程，为治疗相关疾病提供了新的可能性。然而，这方面的研究还在初级阶段，需要更多的临床试验来验证其效果和安全性。