治疗亚急性甲状腺炎的医院选择主要取决于患者的地理位置和个人喜好，以下列举几家在中国享有较高声誉的医院，供您参考：

1. 北京协和医院内分泌科：作为中国 医疗机构，协和医院在甲状腺疾病治疗方面具有丰富的经验和先进的技术。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院内分泌科：该医院在甲状腺疾病诊治上有着较高的专业水平，设备齐全，专家团队实力雄厚。

3. 广东省人民医院内分泌科：位于南方，是华南地区治疗甲状腺疾病的医院，医疗技术在国内。

4. 浙江大学医学院附属第一医院内分泌科：在亚急性甲状腺炎的治疗上，该医院也具有很高的专业水准。

5. 复旦大学附属华山医院内分泌科：以其精湛的医术和优质的服务，在甲状腺疾病治疗领域有良好的口碑。

请根据您的实际位置和需求，结合医院的专科特色、医生经验以及就医方便程度进行选择。在就医前，建议先进行电话咨询或在线预约，详细了解医院的具体情况。