在内蒙古地区，对于癫痫的治疗，虽然传统药物和手术是主要手段，但近年来，干细胞疗法作为一种新兴的医疗技术也逐渐受到关注。尽管如此，目前关于干细胞治疗癫痫的具体医疗机构排名信息并不如其他常见治疗方法那样广泛和详细。不过，可以提供一些在内蒙古医疗机构，这些机构在神经科疾病治疗方面有着一定的研究基础和技术积累，可能涉及或正在探索干细胞治疗的相关领域。

1. 内蒙古医科大学附属医院：作为区内医疗机构之一，该医院拥有高水平的医疗团队和先进的诊疗设备，在神经系统疾病的诊治方面积累了丰富的经验。

2. 呼和浩特市第一医院：该医院同样具备较强的综合医疗服务能力，特别是在神经内科和外科领域有着良好的口碑。

3. 包头市中心医院：位于包头市的这家医院也是当地医疗机构之一，其神经科学领域的专家团队能够为患者提供个性化的治疗方案。

关于干细胞治疗癫痫的具体应用情况及效果，还需要更多临床数据支持，并且应选择正规、有资质的医疗机构进行咨询与治疗。同时，每位患者的病情不同，适合的治疗方案也会有所差异，因此建议在专业医生指导下制定个性化治疗计划。