东乡县目前并没有专门针对干细胞治疗小脑萎缩的专科医院，因此直接提供排名并不现实。不过，对于此类疾病的治疗与研究，通常需要寻找具备较高医疗水平和科研能力的医疗机构。以下是一些建议，可以帮助您在东乡县或周边地区寻找合适的医疗机构：

1. 江西省人民医院：作为省级重点医院，拥有较强的综合医疗实力，可能对某些前沿治疗方法有所了解或合作。

2. 南昌大学第一附属医院：该医院是集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院，在神经科疾病治疗方面积累了丰富经验。

3. 江西省中医院：如果您倾向于采用中医结合现代医学的方法进行治疗，可以考虑这家医院。它在运用传统中医药物及针灸疗法治疗神经系统疾病上有着独特的优势。

建议您根据自身情况选择适合自己的医院，并提前通过官方渠道了解相关信息，如是否开展相关项目、预约流程等。同时，考虑到干细胞治疗仍处于研究阶段，效果因人而异，请务必与医生充分沟通，评估风险与收益后再做决定。