在新疆昌吉地区，治疗肾功能衰竭的医疗机构中，昌吉州人民医院与昌吉市中医医院是较为知名的两家。这两家医院均设有肾内科，并且在肾病治疗方面积累了丰富的经验。其中，昌吉州人民医院的肾内科在干细胞治疗领域有一定的研究和实践，能够为患者提供包括干细胞疗法在内的多种治疗方案。而昌吉市中医医院则侧重于结合传统中医理论与现代医学技术，为肾功能衰竭患者提供个性化的治疗方案。

选择医院时，建议您根据自身病情及需求，综合考虑医院的专业水平、医生的经验以及服务质量等因素。同时，考虑到医疗资源的紧张情况，请提前通过电话或网络进行预约，以便顺利就医。此外，也可以咨询专业的医疗顾问，获取更多关于治疗肾功能衰竭的信息和建议。

请记得，在接受任何治疗前，详细了解治疗方法的过程、可能的风险以及预期效果，与医生充分沟通，做出最适合自己的选择。