在海口，选择合适的医疗机构进行干细胞治疗肌肉萎缩时，可以考虑海南省的一些三甲医院。比如海南医学院第一附属医院，在干细胞研究与临床应用方面有着丰富的经验和技术积累。该医院拥有一支高水平的医疗团队，他们在神经肌肉疾病治疗领域具有深厚的专业背景，能够为患者提供个性化的治疗方案。

参考干细胞临床研究机构

注：数据来源网络，具体请依当地医院为准。

另外，海南省人民医院作为海南省规模较大、科室设置齐全的综合性三级甲等医院之一，其在干细胞治疗方面的研究也处于国内水平。医院设有专门的科研机构和实验室，专注于干细胞技术的研发与临床转化，对于肌肉萎缩等疾病的治疗有着较为成熟的技术体系。

建议您在选择医院前，先通过正规渠道了解各医院的相关信息，包括医生资质、治疗案例、患者评价等，并结合自身实际情况做出合理的选择。同时，考虑到干细胞治疗属于前沿医学技术，治疗效果可能因人而异，因此在接受治疗前应充分与医生沟通，详细了解治疗过程及可能存在的风险。希望每位患者都能找到最适合自己的治疗方式，早日康复。