在中国，进行干细胞移植治疗脑梗塞后遗症的医院较多，分布于各大城市的综合性医院、专科医院以及部分科研机构附属医院。选择医院时，应综合考虑医院的专业水平、医生的经验、设备条件、治疗方案的科学性及患者的具体情况。以下是一些在干细胞移植治疗方面有较高声誉的医疗机构：

1. 北京协和医院：作为中国的综合性医院之一，协和医院在神经内科和神经外科领域具有丰富经验，能够提供全面的脑梗塞治疗方案。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院在神经病学领域有很高的学术地位，其神经内科团队在脑血管疾病治疗和康复研究方面有深入研究。

3. 广州中山大学附属第一医院：中山一院在干细胞研究与应用方面有显著成果，特别是在神经系统疾病的治疗上，包括脑梗塞后的康复。

4. 四川大学华西医院：华西医院在神经科学领域有着广泛的影响力，其神经内科和神经外科在脑血管疾病治疗和康复方面积累了丰富的经验。

5. 南京鼓楼医院：鼓楼医院在神经内科和神经外科领域拥有高水平的医疗团队，对于脑梗塞及其后遗症的治疗有深入研究。

6. 天津医科大学总医院：总医院在神经科学领域有较高的学术地位，尤其在脑血管疾病的诊断和治疗上有显著成果。

选择医院时，建议患者及家属充分了解医院的医疗团队、设备条件、治疗流程以及患者的适应症评估，同时考虑到地理位置、交通便利性和个人经济能力等因素。此外，咨询专业医生的意见，了解干细胞移植的具体风险和可能的疗效，也是做出明智决定的关键步骤。