在选择使用干细胞治疗脑萎缩的医院时，三甲医院的神经科或神经外科拥有开展干细胞治疗的相关技术和经验，如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、广州中山大学孙逸仙纪念医院等。这些医院通常会有一支由神经科医生、生物医学专家、伦理学家等组成的团队，确保治疗的安全性和有效性。

干细胞治疗脑萎缩是一种前沿医疗技术，目前仍处于研究和临床试验阶段，不同国家和地区对于该技术的审批和应用有不同的规定和标准。因此，在选择医院时，应关注其是否具有合法的干细胞治疗资质，以及是否参与了相关的临床试验项目，并且要确保治疗方案是在严格监管下进行的。

此外，患者在选择医院和治疗方法时，应充分了解治疗的风险、效果预期、费用以及后续的康复计划。与医生进行深入沟通，详细了解治疗的详细信息，包括治疗的原理、可能的副作用、成功率、治疗周期等，是非常重要的。同时，考虑到治疗的费用可能较高，建议患者在决定前做好经济准备，并咨询医保政策看是否能报销部分费用。

最后，选择医院时，还应考虑医院的地理位置、交通便利性、住院条件、护理服务等因素，以确保整个治疗过程的舒适度和安全性。在整个过程中，保持积极乐观的心态，与家人朋友的支持也是非常关键的。