在选择进行干细胞移植治疗桥本甲状腺炎的医院时，重要的是要考虑到医院的专业水平、医生的经验、治疗设施以及患者的个人健康状况。中国国内有多家医院提供此类治疗，如北京协和医院、上海交通大学医学院附属仁济医院、中山大学附属第一医院等。这些医院通常拥有先进的医疗设备、专业的医疗团队以及丰富的临床经验。

干细胞移植是一种较新的治疗方法，其效果因人而异，且可能伴随一定的风险和不确定性。在考虑这种治疗方案时，建议患者首先进行全面的体检，了解自己的具体病情，同时咨询多位专业医生的意见，包括内分泌科医生、免疫学专家等，以做出最适合自己的决策。

在选择医院时，除了关注医院的声誉和医疗水平外，还应考虑医院的地理位置、交通便利性、住院条件以及后续的康复支持服务等因素。同时，确保与医院沟通清楚治疗方案、预期效果、可能的风险和费用等方面的信息，做好充分的准备。

请记得，在任何医疗决定之前，务必与您的主治医生进行深入讨论，获取专业意见，并遵循医生的指导进行治疗。