在选择进行干细胞移植治疗亚急性甲状腺炎的医院时，应考虑医院的专业水平、医生的经验、设备条件以及治疗方案的科学性。以下是一些具备较高专业水平和良好声誉的医疗机构，选择医院时需根据个人具体情况和当地医疗资源进行综合考量：

1. 北京协和医院：协和医院在内分泌科领域有丰富的临床经验和高水平的科研能力，能够提供包括干细胞治疗在内的多种甲状腺疾病诊疗方案。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院内分泌科在甲状腺疾病研究和治疗方面有显著成果，其在细胞生物学和免疫调节方面的研究为干细胞治疗提供了理论支持。

3. 中山大学附属第一医院：中山一院在内分泌科及细胞治疗领域具有较强的研究实力，对于亚急性甲状腺炎的治疗，可能提供包括干细胞移植在内的个体化治疗方案。

4. 四川大学华西医院：华西医院在内分泌系统疾病的诊断与治疗方面有着深厚的积累，其在细胞治疗领域的研究，能够为患者提供先进的治疗方案。

5. 复旦大学附属华山医院：华山医院在内分泌科的诊疗中，尤其是在复杂疾病如亚急性甲状腺炎的治疗上，拥有丰富经验和技术。

在选择医院时，以下几点：

确保医院及其相关科室具备合法的执业资格。

了解主治医生的专业背景、学术成就和临床经验。

咨询医院提供的具体治疗方案，包括干细胞来源、移植方式、预期效果等信息。

了解医院在干细胞治疗领域的安全性记录，以及相应的风险评估和管理措施。

参考其他患者的治疗经历和评价，有助于了解医院的服务质量和治疗效果。

最后，建议在决定治疗前，先进行全面的身体检查，并与医生充分沟通，了解治疗的风险、收益及可能的副作用，做出最适合自己的选择。