在选择进行干细胞移植治疗肌肉萎缩的医院时，患者应综合考虑医院的专业水平、医疗设施、医生团队的经验以及治疗方案的个性化设计等因素。中国国内有多家医院提供此类治疗，例如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、广州中山大学孙逸仙纪念医院等。这些医院均拥有专业的神经内科、骨科或相关科室，配备了先进的医疗设备和技术。

在选择医院时，建议患者及其家属参考以下几点：

确保医院具备合法的医疗执业许可证，并且在干细胞移植领域有良好的临床经验和研究背景。

了解参与治疗的医生是否有丰富的干细胞移植经验，是否在相关学术期刊上发表过研究成果。

咨询医院提供的个性化治疗计划，包括干细胞来源（如自体、异体或同种异体）、治疗流程、预期效果及可能的风险等。

通过阅读患者评价、参与相关的病友交流平台，了解其他患者的治疗经历和效果。

了解医院是否提供长期的康复指导、定期复查以及心理支持等服务。

重要的是，选择医院时应保持审慎，避免轻信夸大宣传，同时要根据自身病情和经济状况做出决策。在任何情况下，都应该遵循医嘱，进行正规治疗，避免寻求非正规渠道的治疗方式。