在进行干细胞移植治疗系统性红斑狼疮（SLE）的决策时，选择合适的医疗机构至关重要。干细胞移植是一种较为先进的治疗方法，旨在通过替换或修复受损的免疫系统细胞来改善患者的病情。然而，由于干细胞移植涉及较高风险和复杂性，患者在选择医院时应考虑以下几个关键因素：

确保所选医院拥有相关领域的高级别医疗许可，并配备有经验丰富的专业团队，包括风湿病专家、免疫学专家以及移植科医生等。

查询医院在干细胞移植治疗SLE方面的临床经验和成功案例，了解其治疗方案、手术成功率、并发症发生率以及长期疗效等方面的数据。

包括手术费、药物费、住院费等，并确认是否被医保覆盖，同时确保医院提供费用明细和透明的价格政策。

选择距离自己居住地较近的医院，便于日常就诊和治疗期间的照顾。

在中国，一些的大医院如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、中山大学孙逸仙纪念医院等，在风湿免疫性疾病，特别是系统性红斑狼疮的治疗方面具有较高的水平和丰富的经验。在选择时，建议详细咨询医院的专业科室，了解具体治疗方案、费用预算及预后评估，同时参考患者的个人健康状况和偏好进行决策。

请记得，在做出任何决定之前，与主治医师充分沟通，了解所有可能的风险和收益，确保治疗方案最适合自己的情况。