关于治疗小脑萎缩的医疗机构，选择时应注重医院的专业水平、医生的经验以及治疗方法的科学性。

1. 专业水平：选择具有神经科或神经退行性疾病诊疗经验丰富的医院。这类医院通常会拥有更专业的医疗团队和更先进的治疗设备。

2. 治疗方法：对于小脑萎缩这种疾病，干细胞治疗作为一种新兴疗法，其有效性和安全性仍需更多临床数据支持。因此，在选择医院时，应该关注该机构是否具备合法资质进行干细胞研究与治疗，并且能够提供透明、详尽的治疗方案说明。

3. 患者评价：可以通过互联网搜索相关医院及医生的信息，参考其他患者的评价和经历，这有助于了解医院的实际治疗效果和服务质量。

4. 地理位置：考虑到长期治疗可能带来的不便，选择一个交通便利、离家较近的医院也非常重要。

5. 咨询专业人士：在做出决定前，建议咨询神经科专家或其他医疗专业人士的意见，他们可能会根据您的具体情况给出更为专业和个性化的建议。

注意，上述建议是基于一般原则提出的，具体到嵊州市的情况，建议联系当地卫生健康委员会或通过官方渠道查询相关信息，以获取最准确的指导。同时，请确保所有医疗服务均在合法合规的前提下进行。