南京作为中国东部的重要城市，拥有多家在神经疾病治疗领域享有较高声誉的医疗机构。对于肌无力综合征（也称为重症肌无力），这是一种主要影响神经与肌肉接头处信号传递的自身免疫性疾病，干细胞疗法作为一种新兴的治疗方法，在某些情况下被用于尝试修复受损的神经或肌肉组织。

在选择医院时，建议关注那些具有丰富临床经验和科研实力的机构。例如，南京鼓楼医院、江苏省人民医院等大型综合性三甲医院，它们不仅设备先进，而且拥有专业的医疗团队，可以为患者提供全面的诊疗服务。这些医院可能开展有针对肌无力综合征的研究项目，并且在干细胞治疗方面有一定的探索和实践。

进行此类治疗前，强烈建议先进行全面咨询，了解治疗的风险、效果以及可能的副作用。同时，考虑到医疗技术的发展日新月异，具体哪家医院更擅长此类治疗，还需根据最新的医学研究成果和个人健康状况来决定。最重要的是，在专业医生指导下制定合理的治疗方案。

任何医疗行为都存在一定的风险，选择医院时应综合考虑医院的专业水平、医生的经验以及个人实际情况，谨慎做出决定。同时，国家对干细胞治疗有严格的监管政策，确保其安全性和有效性。因此，务必选择正规医院进行治疗。