阿坝藏族羌族自治州，位于四川省西北部，地域辽阔，医疗资源相对集中在州府马尔康市。在阿坝地区，进行干细胞治疗的医院主要有阿坝州人民医院和马尔康市人民医院，这两家医院在当地的综合医疗水平较高，具备一定的干细胞研究与应用能力。

参考干细胞临床研究机构

注：数据来源网络，具体请依当地医院为准。

阿坝州人民医院作为地级医院，拥有一支专业的医疗团队，对于干细胞技术有一定的研究和实践经验。马尔康市人民医院则可能因为地处州府，医疗设施和技术更新速度更快，可能在干细胞治疗方面有更先进的技术和设备支持。

然而，由于干细胞治疗属于前沿医疗领域，具体哪家医院更适合，还需要根据患者的具体病情、医生的专业特长以及医院的技术储备来决定。建议您在选择时咨询专业医生，详细了解医院的诊疗水平和成功案例，以确保得到最合适的治疗方案。同时，也可以考虑到成都市或周边地区的大型综合性医院，如四川大学华西医院等，他们在这方面具有更高的科研实力和临床经验。