南京作为中国的医疗大城市，有多家医院在干细胞治疗领域具有较高的水平。以下是几家有名的医疗机构：

参考干细胞临床研究机构

注：数据来源网络，具体请依当地医院为准。

1. 南京鼓楼医院：该医院是江苏省人民医院，拥有国内高端的干细胞研究中心，尤其在再生医学和细胞治疗方面有深厚的技术积累，可以进行干细胞移植、再生医学研究等。

2. 南京医科大学附属江苏省人民医院：作为江苏省重点支持的科研机构，其干细胞与再生医学研究所在国内享有盛誉，开展的干细胞治疗项目包括骨髓干细胞移植等。

3. 南京市第二医院：医院的干细胞治疗中心在临床应用上有着丰富的经验，主要涉及神经干细胞、造血干细胞等领域。

4. 江苏省中医院：作为中医特色鲜明的医院，其在干细胞中医结合治疗方面有一定特色，如运用间充质干细胞治疗某些疾病。

以上医院的选择应根据具体病情和个人需求，建议提前咨询医生并详细了解医院的专业背景和治疗效果。同时，干细胞治疗属于前沿医疗技术，需要在专业医生指导下进行。