选择进行干细胞移植治疗小儿脑萎缩的医院时，需要考虑多个因素，包括医院的专业水平、设备条件、医生的经验以及治疗方案的个性化。在中国，有多家的医疗机构提供这一治疗手段，例如北京协和医院、上海交通大学医学院附属新华医院、广州中山大学孙逸仙纪念医院等。这些医院在神经科领域拥有较高的声誉，并且在干细胞治疗方面积累了丰富的经验。

在选择医院时，建议从以下几个方面进行考察：

确保医院有专业的神经内科、儿科和干细胞研究团队，他们对小儿脑萎缩的诊断和干细胞移植治疗有深入的研究和实践经验。

先进的医疗设备是治疗效果的重要保障，了解医院是否拥有最新的干细胞培养、分离、移植设备和技术。

查看医院和医生的临床案例数量，以及患者治疗前后的改善情况，这能直观反映治疗的有效性。

了解医院在干细胞移植过程中的风险管理和安全措施，确保治疗过程中的安全性。

了解医院是否提供长期的随访和康复指导，这对于患者术后的恢复至关重要。

参考其他患者的评价和经验分享，这可以从侧面了解到医院的服务质量和治疗效果。

在选择医院时，不要轻信过于夸张或承诺“包治百病”的宣传，正规的医疗机构会提供科学、严谨的治疗方案，并根据患者的具体情况制定个性化的治疗计划。同时，治疗过程和结果受到多种因素的影响，包括患者的身体状况、疾病的严重程度等，因此在做出决定之前，务必与专业医生充分沟通，详细了解治疗的风险、预期效果以及可能的副作用。