克罗恩病干细胞移植治疗的医院排名时，我们首先需要明确的是，医院的排名往往基于多个因素，包括但不限于医疗设备、医生的专业水平、临床经验、患者满意度、科研成果等。不同地区、国家的医疗体系发展水平差异较大，因此在国际上没有统一的、广泛认可的全球医院排名榜单专门针对特定疾病的治疗。以下是一些在全球范围内享有良好声誉的医疗机构，它们在消化系统疾病尤其是克罗恩病的治疗方面具有显著优势：

1. 美国梅奥诊所：梅奥诊所以其综合性的医疗服务著称，拥有医疗团队和先进的研究设施。在克罗恩病的诊断和治疗方面，梅奥诊所提供个体化的治疗方案，包括药物治疗、营养支持、心理咨询服务等。

2. 哈佛大学医学院附属波士顿儿童医院：对于儿童及青少年患者而言，波士顿儿童医院在克罗恩病的儿科治疗领域有着卓越的声誉。该医院拥有一支由儿科胃肠病学专家组成的团队，个性化的治疗方案。

3. 德国海德堡大学医院：在欧洲，海德堡大学医院在消化系统疾病的研究和治疗方面处于地位。他们不仅提供传统治疗方法，还在干细胞移植等前沿技术方面进行积极探索，为克罗恩病患者提供创新的治疗选择。

4. 日本东京大学医学部附属医院：在日本，东京大学医学部附属医院在消化系统疾病的治疗和研究上享有盛誉。他们运用现代医学技术和传统治疗方法相结合的方式，为克罗恩病患者提供全面的医疗服务。

5. 中国北京协和医院：在中国，北京协和医院在消化内科领域的诊疗水平处于国内地位。医院拥有一支专业的医疗团队，能够为克罗恩病患者提供高质量的诊断和治疗服务。

选择医院时应考虑个人的具体情况、地理位置、医疗保险覆盖范围以及医院的专业特长等因素。此外，患者在接受任何治疗前，都应与专业医生充分沟通，了解治疗的风险、收益和可能的副作用，做出最适合自己的医疗决策。