在选择进行干细胞移植治疗脑萎缩的医院时，重要的是要考虑到医院的专业水平、医生的经验以及该治疗方法的安全性和有效性。在中国，一些的医疗机构如北京协和医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、广州中山大学附属第一医院等，在神经退行性疾病的研究和治疗方面具有较高的声誉。

这些医院通常拥有一支由神经内科、神经外科、康复医学等多学科专家组成的团队，能够为患者提供全面的诊断和个性化的治疗方案。干细胞移植治疗脑萎缩是一种较为前沿的治疗方法，需要确保在具备相应资质和条件的医疗单位进行。

在选择医院时，建议关注以下几个方面：

确保所选医院具备国家卫生健康委员会批准的相应诊疗科目和资质。

了解医院是否有一支经验丰富的医疗团队，包括主诊医生、护理人员和科研人员，他们对干细胞移植治疗有深入研究和丰富经验。

先进的医疗设备和成熟的手术技术是治疗成功的关键。了解医院在干细胞存储、制备、移植等环节的技术水平。

参考其他患者的治疗经历和效果，可以提供宝贵的实际反馈信息。

任何医疗决策都应基于详细的医学评估和与医疗专业人员的充分讨论。在做出决定前，务必咨询专业医生的意见，并确保所有信息的准确性。在实际操作过程中，遵循医生的指导，定期进行复查和调整治疗方案，以获得疗效。