在选择进行间充质干细胞治疗狼疮性肾炎的医院时，应考虑到医院的专业水平、设备条件、医生的经验以及患者的个体化需求。中国有多家医院提供此类治疗，以下是一些具备较高声誉的医疗机构：

1. 北京大学第一医院：位于北京，该医院风湿免疫科在国内享有较高声誉，拥有一支经验丰富的医疗团队，能够为患者提供个性化的治疗方案。

2. 上海交通大学医学院附属仁济医院：上海地区的医疗机构，其风湿免疫科在多个领域具有先进的研究与临床治疗能力，包括干细胞治疗在内的多种免疫性疾病治疗。

3. 中山大学附属第一医院：广州地区的大型综合性医院，风湿免疫科实力雄厚，拥有先进的诊疗设备和专业的医疗团队，能够为患者提供高质量的医疗服务。

4. 四川大学华西医院：作为西南地区的医疗机构，华西医院在风湿免疫疾病领域的研究和治疗方面具有显著优势，其风湿免疫科拥有多名国内外的专家。

5. 浙江大学医学院附属第一医院：杭州地区的医院，其风湿免疫科在临床治疗和科研方面均表现出色，为患者提供全面、精准的治疗服务。

选择医院时，建议考虑以下几个因素：

- 医院的专业科室和医生团队背景。

- 治疗技术的先进性和安全性。

- 患者评价和服务质量。

- 是否具备相关临床试验或研究项目，以了解最新的治疗进展。

- 交通便利性和住院环境。

在决定前，还应咨询医生，详细了解治疗的风险、效果预期以及可能的后续护理需求。同时，考虑到不同地区和医院之间的差异，建议患者及其家属根据自身情况，综合考量后做出选择，并遵循医嘱进行治疗。