在选择进行干细胞治疗肌肉萎缩的医疗机构时，重要的是要考虑到医院的专业水平、治疗方法的安全性和有效性，以及患者的个人健康状况。

选择拥有合法医疗许可证并专门从事干细胞治疗的医疗机构。确保医院和医生具备相关领域的专业知识和丰富的临床经验。

了解该机构是否参与了干细胞治疗肌肉萎缩的科学研究或临床试验，并且这些研究是否有良好的安全性和有效性记录。

咨询不同医疗机构提供的治疗方案，包括使用的干细胞类型、治疗过程、预期效果及可能的风险等。

保持与主治医生的良好沟通，详细了解治疗的每一个环节，对于提高治疗成功率和改善生活质量都至关重要。