免疫干细胞与普通干细胞的主要区别在于它们的功能特化性以及在生物体内的作用。首先，从定义上讲，干细胞是一类具有自我复制能力和分化潜能的细胞，能够在特定条件下分化为多种类型的细胞。而免疫干细胞则是干细胞的一个子集，特指那些能够发育成为免疫系统相关细胞的干细胞。

免疫干细胞主要分为两大类：一类是造血干细胞（HSCs），它们位于骨髓中，能够分化成各种血细胞，包括红细胞、白细胞等，其中一部分会进一步分化为免疫细胞如T细胞、B细胞等；另一类是淋巴干细胞，这类干细胞直接参与淋巴细胞的生成，对机体的免疫反应起着至关重要的作用。

普通干细胞则更加广泛，不仅限于血液系统，还可以存在于神经系统、肌肉组织等多个部位，它们根据所在的微环境，可以分化成相应组织或器官的细胞，支持组织修复和再生。

简而言之，免疫干细胞专注于免疫系统的构建与发展，而普通干细胞则是多能性的，可以在多种组织和器官中发挥作用。两者虽然都属于干细胞范畴，但在功能定位和应用领域上存在显著差异。