在选择进行干细胞移植治疗脑栓塞后遗症的医院时，应综合考虑医院的专业水平、医疗设备、医生团队、治疗经验以及患者的具体需求。中国有多家医疗机构提供此类治疗，以下是一些被广泛认可的医疗机构，供参考：

1. 北京协和医院：作为国内的综合性医院之一，北京协和医院在神经内科、神经外科领域具有丰富的经验和先进的诊疗技术。协和医院拥有国际化的医疗团队，能够为患者提供个性化、高质量的医疗服务。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院在神经科学领域享有盛誉，其神经内科和神经外科在临床研究和治疗技术上均有较高水平。医院注重科研与临床实践相结合，为患者提供前沿的治疗方案。

3. 广东省人民医院：广东省人民医院在神经系统疾病治疗方面有较强的实力，特别是在脑血管疾病、神经退行性疾病等方面积累了丰富的经验。医院拥有医疗设施和专业的医疗团队，致力于为患者提供全面的医疗服务。

4. 四川大学华西医院：华西医院在神经科学领域的研究和临床工作均处于国内地位，其神经内科和神经外科团队在脑栓塞及后遗症的治疗上有深入的研究和丰富的临床经验。

在选择医院时，建议通过官方渠道或专业医疗咨询平台获取信息，了解医院的具体治疗方案、成功率、费用情况等，同时，考虑到治疗效果的个体差异性，患者的实际情况和医生的专业意见至关重要。在决定治疗前，与医生详细沟通，了解治疗的风险、预期效果以及可能的副作用，做出最适合自己的决策。

选择医院和治疗方法时，安全性和有效性是首要考虑因素，应避免轻信夸大疗效的宣传，确保在正规医疗机构接受治疗。