在进行干细胞移植治疗肌无力综合征时，选择医院需要综合考虑医院的专业水平、医疗设施、医生团队的经验以及患者的具体需求。以下是一些医院及其相关科室的介绍，供参考：

1. 北京协和医院：作为中国最早成立的大型综合性医院之一，北京协和医院拥有国内的神经内科和免疫学研究团队。该医院在肌无力综合征的诊断和治疗方面具有丰富的经验，包括干细胞移植在内的多种治疗方法。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院神经内科在全国范围内享有盛誉，其科研实力强大，特别是在神经系统疾病的治疗和研究上，包括肌无力综合征在内的疾病治疗领域，瑞金医院提供了先进的医疗服务和技术支持。

3. 广州中山大学附属第一医院：中山一院的神经内科是国家重点学科，其在神经免疫性疾病，如肌无力综合征的诊疗方面积累了丰富的临床经验和研究成果。医院提供全面的治疗方案，包括传统药物治疗、免疫调节治疗和干细胞移植等。

4. 四川大学华西医院：华西医院的神经内科在国内享有很高的声誉，其在肌无力综合征的诊断与治疗方面，特别是干细胞移植治疗的研究和实践处于国内水平。医院拥有的医疗设备和专业的医疗团队。

在选择医院时，建议详细咨询医院的专家团队，了解其在肌无力综合征治疗方面的具体经验和研究成果。同时，考虑到干细胞移植属于较为前沿的治疗方法，其效果、风险和适应症需由专业医生根据患者的具体情况进行评估和决定。在做出最终决定前，与家庭成员共同，充分了解治疗的风险与收益是非常重要的。