选择进行干细胞移植治疗小脑萎缩的医院时，需要综合考虑医院的专业水平、医生的经验、设备条件以及患者的个人需求等因素。以下是一些在该领域具有一定声誉的医院，供您参考：

1. 中国医学科学院北京协和医院：作为国内的综合性医院之一，协和医院在神经科领域有着深厚的研究与临床经验，拥有多位在干细胞治疗方面有丰富经验的专家。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院在神经系统疾病治疗方面有显著成就，其神经内科和神经外科团队在干细胞移植治疗小脑萎缩等疾病上积累了丰富的临床经验。

3. 北京大学第一医院：北京大学第一医院在神经科学领域具有较高的学术地位和临床诊疗能力，其神经内科在干细胞治疗方面也有所研究。

4. 广东省人民医院：广东省人民医院在神经系统疾病治疗方面具有较高水平，其神经内科和神经外科在干细胞治疗技术上也有一定的研究和应用。

5. 四川大学华西医院：华西医院在多个医学领域均处于国内地位，其神经内科在神经系统疾病的诊断和治疗，包括干细胞治疗方面都有深入研究。

选择医院时，建议通过官方渠道或专业医疗咨询平台获取更详细的信息，同时，了解医院的具体科室设置、医生资质、成功案例、患者评价以及治疗费用等多方面信息，以做出最适合自己的选择。此外，考虑到治疗的特殊性和风险性，务必在专业医生的指导下进行决策，并严格遵循医嘱进行治疗。