在选择治疗脑中风后遗症的医院时，选择具备丰富经验和先进医疗技术的专业医院尤为重要。干细胞治疗作为近年来兴起的一种新型治疗方法，在脑中风后遗症的治疗领域展现出一定的潜力和优势。以下是一些在该领域具有较高声誉的医疗机构推荐：

1. 中国医学科学院北京协和医院：作为国内的医疗机构之一，北京协和医院在神经科学领域的研究与临床应用方面具有丰富的经验。其神经内科团队在干细胞治疗脑中风后遗症方面积累了大量病例，拥有较为成熟的技术和治疗方案。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院：瑞金医院在神经科疾病的研究和治疗上享有盛誉，特别是在干细胞移植治疗脑血管疾病方面有着深入的研究和临床实践。其科研团队与多家国际机构合作，不断探索干细胞治疗的新方法和新应用。

3. 复旦大学附属华山医院：华山医院在神经病学领域有深厚的积累，尤其是在脑卒中的预防、诊断和治疗方面处于国内地位。其在干细胞治疗脑中风后遗症方面的研究，旨在通过促进神经再生和功能恢复，为患者提供更有效的治疗手段。

4. 广东省人民医院：广东省人民医院在神经系统疾病治疗领域有着广泛的影响，其神经内科团队在干细胞治疗脑中风后遗症方面开展了多项研究，并在临床实践中取得了一定的成果，为患者提供了个性化的治疗方案。

选择医院时，建议综合考虑医院的专业资质、医疗团队的水平、治疗技术和设备条件、患者评价以及个人的实际情况（如地理位置、经济能力等）。同时，咨询专业医生，了解干细胞治疗的具体适应症、治疗过程、预期效果及潜在风险，做出最适合自己的选择。